Schon im 14. Jahrhundert hat es vor den Toren von Bergedorf eine Kapelle als Andachts- und Pilgerstätte gegeben. Es war die von den Sachsen - Herzögen aus Lauenburg errichtete " Capelle des hilghen Cruces" vor dem Sachsentor. Sie stand etwa dort, wo heute die "Bergedorfer Straße" in den "Brink" mündet. Von ihr ist jede Spur verloren gegangen.
Bereits vor dem 2. Weltkrieg bestand der Plan, für das sich ausbreitende Bergedorf im östlichen Neubaubereich eine zweite Kirche zu bauen. Der Ausbruch des 2. Weltkrieges verhinderte diesen Bau.
Als nach Hamburgs Wiederaufbau, auch im Bereich der Kirchenbauten die größten Lücken geschlossen waren, wurde "St. Michael" eine der ersten kirchlichen Neubauten in der "Alt Hamburgischen Kirche", wie die Kirche damals hieß.
Mit "St. Michael" besitzt Bergedorf seit dem 29. September 1955 eine zweite ev.- luth. Kirche. Sie steht weit sichtbar auf dem Gojenberg, inmitten des zum Parkgelände umgestalteten "Alten Friedhofes". Fast zehn Jahre gehörte die Kirche "St. Michael" als zweite Predigtstätte zur ev.- luth. Kirchengemeinde "St. Petri und Pauli" in Bergedorf.
Am 10. Oktober 1964 entstand die "Ev.-luth. Kirchengemeinde St. Michael zu Bergedorf" durch Ausgliederung der vierten und fünften Pfarrstelle als neue, eigenständige Gemeinde.
Im Oktober 2005 wurde feierlich das 50jährige Jubiläum der Kirche St. Michael begangen. Bischöfin Maria Jepsen und Pröpstin Dr. Ulrike Murmann haben den Festgottesdienst gehalten. Die Kantorei St. Michael unter der Leitung von Henrike Schäfer, verstärkt durch Solist:innen und Orchester haben den musikalischen Rahmen gegeben. Auch ein Familiengottesdienst darf zu so einem Jubiläum in St. Michael nicht fehlen und gefeiert wurde sowieso.
Die besondere Herausforderung für den damaligen Kirchenvorstand war, dass das Jubiläum in die pastorale Vakanzzeit fiel. Die neue Pastorin Angelika Meyer war zwar zum Festakt schon da, aber eine verantwortliche Pfarrperson gab es zu der Zeit nicht. Aber dennoch war das Jubiläum in all seinen Facetten ein richtig schönes Fest.
(Die Texte wurden anlässlich des 50jährigen Bestehens der St. Michael Kirche im Jahr 2005 aktualisiert. Die Textbearbeitung erfolgte nach einer Festschrift von Pastor Herbert Rosenau und nach Aufsätzen von Frau B. Haug und Frau E. Sticker. Die Überarbeitung erfolgte durch Herrn H-E. Sahlmann. Ein sehr schön gestaltetes Heft mit der Chronik von St. Michael ist im Gemeindebüro erhältlich.)